Да, чтобы спрашивал откуда копировать. По идее моджно запоминать путь, и если ещё чего-то в новой версии не хватает, чтобы уже не спрашивала - если только апдейт ставился.
По поводу деления логики и графики - главное, чтобы чтобы это деление не нарушалось, чтобы в перспективе была возможность другой движок прикручивать. Пока действительно не критично.